Die Geschichte unserer Gemeinde geht auf die Gründung des Klosters zum Steinhaus zurück. Erste urkundliche Erwähnung aus dem Jahre 1298: Konrad von Berg, ehemals Domprobst und Archidiakon in Köln, überträgt die Kapelle zum Steinhaus den dort lebenden Kreuzbrüdern, denen sein verstorbener Bruder Graf Adolf die Kapelle bereits geschenkt hatte.
Die Kreuzbrüder führten hier ihr Klosterleben, verrichteten das Chorgebet und betreuten die Bewohner der umliegenden Höfe.
Da die an der Kapelle vorbeiführende Hansastraße „und die bösen Sitten der Vorüberziehenden dem Gebet und dem göttlichen Dienst nicht obliegen konnten“ schenkte im Jahre 1302 Graf Wilhelm dem Kloster den „Berg Beyenburg“. Auf diesem von der Wupper umflossenen Bergrücken bauten die Kreuzbrüder ihr Kloster und eine Klosterkirche.

Im 15. Jahrhundert stand das Kloster in voller Blüte. Dann brach mit der Reformation eine schwere Zeit über das Kloster und die Gemeinde St. Maria Magdalena herein. Im Gegensatz zu den Nachbargemeinden blieb man dem katholischen Glauben treu.
Im 17. und 18. Jahrhundert brachten der 30 jährige und der 7 jährige Krieg Elend und Not über das Land und in den Jahren 1615, 1678 und 1735 wurden Kloster und Kirche von Feuerbrünsten heimgesucht. Nach dem Brand von 1678 erhielt die Klosterkirche ihre prachtvolle Barockausstattung, deren Mittelpunkt das Altargemälde aus der Rubensschule darstellt. Im Jahre 1804 wurde die Ordensniederlassung durch den Reichsdeputationshauptschluss aufgehoben. Die Klosterkirche wurde zur Pfarrkirche von Beyenburg erhoben. Danach kam eine große Notzeit. Das Kloster wurde großenteils abgerissen. 1818 war die Kirche vom Einsturz bedroht und wurde später wiederhergestellt.
Vom 1. Mai 1907 bis 1968 unterhielten die Augustinerinnen ein Alten- Pflegeheim; zeitweise diente es als Entbindungsstation.
Im Jahre 1963 übergab Kardinal Frings die Pfarrgemeinde wieder dem Kreuzherrenorden. Seit dieser Zeit wurden Kirche und Klostergebäude restauriert und als Pfarrheim ausgebaut, der Klosterhof neu gestaltet. Nach dem Weggang der Schwestern im Jahre 1968 waren verschiedene Räume nach heutigen Verhältnissen durch die Gemeinde nur noch eingeschränkt nutzbar. Weitere Räume für das Pfarrleben waren jedoch nicht vorhanden.

Kloster und Pfarrgemeinde sind über Jahrhunderte miteinander verbunden. Heute wird das Kloster stärker denn je als Gemeindezentrum genutzt. So wurde das Kloster grundsaniert. Trotz hoher Zuschüsse von verschiedenen Gremien mussten auch von der Gemeinde enorme Mittel aufgebracht werden. Das wurde erreicht durch große, stadtbekannte Klosterfeste, ca. 60 Benefizkonzerte, Eigenleistungen und andere Aktionen.
Wir als Gemeinde hatten endlich Räume für unser Pfarrleben. Unser Pastor, Kreuzherr Pater Gerardus Vos, O.S.C. und Bruder Dirk, O.S.C. bezogen eine Wohnung im Kloster.